Την 14η Μαΐου 1920 η Κομοτηνή ενώθηκε με την Ελλάδα κατόπιν διπλωματικής νίκης του πρωθυπουργού Ελευθερίου Βενιζέλου και του στενού συνεργάτη του Χαρίσιου Βαμβακά.
Ο Ελληνισμός της Κομοτηνής υπέστη ολοκληρωτική καταστροφή κατά τη Βουλγαρική κατοχή την περίοδο 1913 – 1920, όταν σχεδόν όλοι οι Έλληνες εγκατέλειψαν την πόλη (ενώ και πολλοί μουσουλμάνοι προσέφυγαν στην Κωνσταντινούπολη), για να τονωθεί εκ νέου μετά την ανταλλαγή πληθυσμών της συνθήκης της Λωζάνης.
Ο μουσουλμανικός πληθυσμός εξαιρέθηκε από την ανταλλαγή πληθυσμών με την Τουρκία στην Συνθήκη της Λωζάνης το 1923. Μετά το 1922 προσέφυγαν σε αυτή αρκετοί πρόσφυγες από τον Πόντο, τη Μικρά Ασία, την Ανατολική Θράκη και την Ανατολική Ρωμυλία.
Την ίδια περίοδο στην περιοχή της Θράκης βρήκαν καταφύγιο και αρκετοί μουσουλμάνοι αντικεμαλιστές ως πολιτικοί πρόσφυγες, καθώς και Αρμένιοι πρόσφυγες με αποτέλεσμα στην απογραφή του 1928 η Αρμένικη κοινότητα να αριθμεί σε όλο το Δήμο Κομοτηνής 779 άτομα.
Στην ανατολική περιοχή της πόλης βρίσκεται η συνοικία όπου παραδοσιακά κατοικούσαν που φέρει την ονομασία Αρμενιό.
Λίγο πριν υπογραφεί η συνθήκη της Λωζάνης ενὠ είχαν ήδη ξεκινήσει οι ανταλλαγές πληθυσμών που προέβλεπε, έγινε επίσημη ελληνική στατιστική στις 7 Ιουνίου 1923 (Φ.1923!ΚΤΕ,Τ’1 (57)) οπότε καταγράφηκαν 30.989 κάτοικοι από τους οποίους οι 6.115 ήταν Έλληνες, οι 12.843 μουσουλμάνοι, οι 1.183 Αρμένιοι, οι 1.112 Εβραίοι, οι 41 Κιρκάσιοι και 9.695 Έλληνες πρόσφυγες.
Μετά την ένωσή της με την Ελλάδα, το Μάιο 1920, η ισραηλίτικη κοινότητα Κομοτηνής διατηρούσε πολιτιστική λέσχη και φιλανθρωπικούς συλλόγους.
