Η βασική τελετουργία της ημέρας των Θεοφανείων είναι ο «αγιασμός των υδάτων» με τη κατάδυση (ρίψη) του Σταυρού κατά μίμηση της Βάπτισης του Θεανθρώπου.
Στην ελληνική εθιμολογία όμως, ο εν λόγω Αγιασμός έχει και την έννοια του καθαρμού, του εξαγνισμού των ανθρώπων καθώς και της απαλλαγής του από την επήρεια των δαιμονίων.
Η τελευταία δε αυτή έννοια δεν είναι ασφαλώς αυστηρά χριστιανική, αλλά έχει ρίζες στην αρχαία λατρεία.
Με τη πρωτάγιαση ο ιερέας γυρίζει όλα τα σπίτια και με το Σταυρό και ένα κλωνί βασιλικό «αγιάζει» ή «φωτίζει» (ραντίζει) τους χώρους των σπιτιών. Η πρωτάγιαση είναι και το αποτελεσματικό μέσο με το οποίο τρέπονται σε άγρια φυγή οι καλικάντζαροι εκτός από το άναμμα μιας μεγάλης υπαίθριας φωτιάς.
Ο Μεγάλος όμως Αγιασμός γίνεται ανήμερα των Θεοφανείων εντός των Εκκλησιών σε ειδική εξέδρα στολισμένη επί της οποίας φέρεται μέγα σκεύος γεμάτου ύδατος.
Στη συνέχεια γίνεται η κατάδυση του Σταυρού στη Θάλασσα ή σε γειτονικό ποταμό ή λίμνη ή και στην ανάγκη σε δεξαμενή (όπως στην Αθήνα). Η κατάδυση του Σταυρού, κατά τη λαϊκή πίστη δίνει στο νερό καθαρτικές και εξυγιαντικές ικανότητες.
Οι κάτοικοι πολλών περιοχών μετά τη κατάδυση τρέχουν στις παραλίες της θάλασσας ή στις όχθες ποταμών ή λιμνών και πλένουν τα αγροτικά τους εργαλεία ακόμη και εικονίσματα. Κατά τη κοινή λαϊκή δοξασία ακόμη και τα εικονίσματα με το πέρασμα του χρόνου χάνουν την αρχική δύναμη και αξία τους που την αποκτούν όμως εκ νέου από το αγιασμένο νερό.
