Έχει γίνει αντικείμενο μελέτης ακόμη και από το Πολυτεχνείο. Η θρύλος μάλιστα λέει ότι ο πρωτομάστορας ζήλεψε το επίτευγμα του βοηθού του και γι’ αυτό τον δολοφόνησε
Η Παναγία Παρηγορήτισσσα ξεκίνησε να χτίζεται το 1260 από τον Μιχαήλ Β´ Άγγελο Κομνηνό -Δούκα, ο οποίος ήταν Δεσπότης της Ηπείρου και τη γυναίκα του βασίλισσα Θεοδώρα, την κατοπινή Αγία Θεοδώρα, η οποία είναι και πολιούχος της Άρτας.
Ωστόσο, αυτό που τον κάνει μοναδικό είναι η αρχιτεκτονική έμπνευση και πρωτοπορία με τον τρούλο που αιωρείται.
Ο πρωτομάστορας θέλοντας να κρατήσει τον τρούλο- στον οποίο δεσπόζει το ψηφιδωτό του Παντοκράτορα- ορατό από την είσοδο, αλλά και για να υπάρχει ευρυχωρία και επαρκής φωτισμός, επινόησε και εφάρμοσε ένα πρωτότυπο και ιδιαιτέρως τολμηρό σχέδιο στήριξης του τρούλου.
Κατόρθωσε να στηρίξει τον τρούλο με μια εντυπωσιακή μέθοδο, αποφεύγοντας να βάλει κολόνες στο κέντρο του ναού.
Στις τέσσερις γωνιές της εκκλησίας τοποθέτησε από ένα ζευγάρι κολόνες στήριξης και πάνω σε αυτές έβαλε οριζοντίως κορμούς κιόνων πακτωμένους στους τοίχους.
Ο λαϊκός θρύλος
Σύμφωνα με την παράδοση, το κτίσιμο του ναού ειχε αναλάβει ένας σπουδαίος πρωτομάστορας. Ενώ οι εργασίες είχαν προχωρήσει αρκετά, αυτός επειδή ήταν περιζήτητος κλήθηκε να βγάλει τα σχέδια για μια άλλη εκκλησία. Αποφάσισε τότε να φύγει για λίγο αναθέτοντας στον βοηθό του τη συνέχιση του έργου μέχρι να επιστρέψει. Ο βοηθός του όμως, που ήταν ιδιαίτερα ευφυής και καλαίσθητος, άλλαξε τα σχέδια του πρωτομάστορα και το έχτισε με τον δικό του τρόπο.
Όταν ο πρωτομάστορας επέστρεψε και είδε την εκκλησία ολοκληρωμένη , εντελώς διαφορετική και ασύγκριτα πιο όμορφη από τα δικά του σχέδια, ζήλεψε. Ο φθόνος τον οδήγησε στα άκρα και αποφάσισε να εκδικηθεί το βοηθό του, Κάλεσε τον κάλφα στην κορυφή της στέγης προφασιζόμενος ότι ήθελε να του υποδείξει μια ατέλεια.
Εκείνος πιστεύοντας ότι το έργο του ήταν αψεγάδιαστο, ανέβηκε μαζί του για να δει τι ήταν αυτό που βρήκε ο πρωτομάστορας.
Όταν έσκυψε για να δει, ο πρωτομάστορας τον έσπρωξε στο κενό. Εκείνος όμως πρόλαβε να πιαστεί πάνω του και έτσι παρασύρθηκαν και οι δύο.
Ο θρύλος λέει ότι τα σώματά τους έχουν απολιθωθεί και βρίσκονται σαν δυο κόκκινες πέτρες στον περίβολο του ναού. Οι δύο κατακόκκινες πέτρες, που βρίσκονται μέχρι και σήμερα στο πίσω μέρος του ναού, δεν έχουν καμία σχέση με κανένα άλλο πέτρωμα στον περίβολο.
Ο θρύλος συνεχίζεται και υποστηρίζει ότι η Παναγία εμφανίστηκε στη μάνα του κάλφα για να την παρηγορήσει για τον άδικο χαμό του γιου της και γι ‘αυτό η εκκλησία ονομάζεται Παρηγορήτισσα ή Παρηγορήτρια.
